目的探讨丹参川芎嗪注射液治疗脑血栓椎基底动脉系统供血不足的临床效果。方法选取2013年8月至2015年8月我院收治的脑血栓椎基底动脉系统供血不足患者124例作为研究对象，随机分为观察组（60例）与对照组（64例）。对照组患者给予血塞通注射液治疗，观察组患者给予丹参川芎嗪注射液治疗，比较两组患者的临床治疗效果、症状体征缓解时间、椎动脉血流速度（VA）、基底动脉血流速度（BA）。结果观察组患者的治疗总有效率明显高于对照组（P＜0.01），观察组患者的临床疗效优于对照组（P＜0.01）；观察组患者症状体征缓解时间平均为（3.1±1.3）d，对照组为（4.5±1.2）d，两组比较差异有统计学意义（P＜0.01）；治疗后观察组患者的VA、BA明显高于对照组（P＜0.01）。结论丹参川芎嗪注射液治疗脑血栓椎基底动脉系统供血不足患者，能加快椎动脉和基底动脉的血流速度，迅速恢复椎基底动脉系统的供血，缓解患者临床症状，临床治疗效果显著。