目的探讨阿莫西林和头孢他啶联合治疗新生儿肺炎的临床效果及对患儿肠道菌群的影响。方法将102例新生儿肺炎随机分为对照组和观察组，每组51例。对照组患儿给予阿莫西林治疗，观察组给予阿莫西林联合头孢他啶治疗，两组患儿均持续治疗7 d。比较两组患儿的临床疗效、临床症状消失时间、治疗前后的血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-6（IL-6）、超敏C-反应蛋白（hs-CRP）水平，以及治疗后的肠道微生物菌群含量和治疗期间的不良反应发生情况。结果治疗7 d，观察组患儿的治疗总有效率（92.16%）高于对照组（76.47%），发热、气促、喘憋、肺部啰音、哮鸣音的消失时间均短于对照组患儿（均P＜0.05）。治疗后两组患儿的血清TNF-α、IL-6、hs-CRP水平均降低，且观察组低于对照组（P＜0.05）；两组患儿的肠道肠杆菌、乳酸杆菌、消化链霉杆菌含量比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。治疗期间，观察组患儿恶心呕吐、腹泻、皮疹等不良反应的发生率（11.76%）低于对照组（29.41%），差异有统计学意义（P＜0.05）。结论阿莫西林、头孢他啶联合治疗新生儿肺炎可显著地提高临床疗效、缓解临床症状、降低炎症反应水平和不良反应的发生率，但对肠道微生物菌群水平无明显影响。