目的了解广西钦州地区地中海贫血罕见基因型的类型及所占比例，以更好地指导基因诊断及产前诊断。方法选取2011年12月至2014年3月在钦州市及周边辐射地区经地贫筛查并在钦州市妇幼保健院（广西地中海贫血产前诊断分中心）进行基因检测的对象12 374例。在常规地中海贫血基因检测的基础上，采用MLPA、DNA测序、Gap-PCR、深度测序等技术对血液学表型与基因型不符的样本作罕见基因型检测。结果检出各类罕见基因型占全部检出基因型的0.46%，α-地中海贫血罕见基因型检出22例，其中--THAI 9例，含HKαα基因型3例，含αααanti3.7或αααanti4.2基因型5例，-α4.2-Q Thailand基因型2例，有2例基因型为同一家系，为新发现的-αQINZHOU基因型。β-地中海贫血相关的罕见基因型17例，其中点突变9例，遗传性持续性胎儿血红蛋白增多症东南亚缺失型（HPFH-SEA）5例，δβ地贫中国型缺失2例，有2例为调铁素调控基因发生的突变。有6例因夫妻双方为同型携带者需要做产前诊断，其中1例胎儿为基因型复杂的中间型地贫。结论除常见及常规检测的地中海贫血基因型外，出现血液学表型与基因型不符时，应注意进一步做罕见基因型的检测以避免漏诊或误诊。